红曲在中国至少已有两千年以上药食两用的历史。对于红曲的起源，虽然没有确凿的文字记载，但是在浩如烟海的文学典籍中，依旧能寻到关于红曲的吉光片羽。
     东汉时期，建安七子之一的王粲在《七释》中写道“西旅游梁，御宿素餐，瓜州红曲，参糅相拌，软滑膏润，入口流散”，这段文字，为我们追溯红曲的历史提供了一定的佐证。这也说明我国早在汉代，就已经有微生物发酵工艺开始流传了。

      红曲与美食的结合，征服了文人墨客，而红曲的药用价值，更是备受历代医家青睐。元朝吴瑞所著的《日用本草》中就写道“红曲酿酒，破血行药势”。同时代的饮膳太医忽思慧在《饮膳正要》中则说，红曲“健脾、益气、温中”。其后的药书如《本草衍义补遗》《本草备药》及《医林纂要》等均有红曲药效的记载。
     李时珍曰：红曲出自《丹溪补遗》，本草不载，法出近世，亦奇术也。气味，甘，温，无毒。红曲主治消食活血，健脾暖胃。震亨酿酒，破血行药势，杀山岚瘴气，治打扑伤损，治女人血气痛及产后恶血不尽……人之水谷入于胃，受中焦湿热熏蒸，游益精气，日化为红，散布脏腑经络，是为营血，此造化自然之微妙也。造红曲者，以白米饭受湿热郁蒸变而为红，即成真色，久亦不渝，此乃人窥造化之巧者也，故红曲有治脾胃营血之功。